सिन्धु सभ्यता के उद्भव की समस्या जितनी कठिन है उसके कहीं अधिक जटिल है यह समझना की इस सभ्यता का विनाश कैसे हुआ था। सिन्धु सभ्यता के विघटन के कोई एक कारक जिम्मेदार नहीं रहे होगे वरन् यह कई कारणों की समग्र प्रभाव रहा होगा जिसमें बाढ़, सूखा, महामारी, बाहृय आक्रमण, जलवायु परिवर्तन, नदियों का मार्ग बदलना आदि प्रमुख है।